Equipements

Microscopie

 

Microscope confocal inversé pour de l’imagerie haute résolution en fluorescence. Image en 3D obtenue à partir d’empilement de coupes optiques suivant le principe de l’imagerie confocale, sur échantillons fixés ou vivants.

Technologies associées :

Imagerie 3D
FCS
FRET
Imagerie spectrale
Fluorescence et contraste DIC

Son détecteur spectral permet en une seule acquisition de détecter le spectre d’émission de l’échantillon de chaque pixel de l’image. Cette propriété permet de valider la nature des composés observés et facilite l’utilisation de sondes pour lesquelles leur analyse est basée sur un shift de leur spectre.

Ce microscope possède des fonctions avancées permettant de faire des mesures ratiométriques sur des images en live, des mesures de longueur, des mosaïques d’images et des analyses de FRET (FRET-photobleaching et FRET-sensitized emission). Il est aussi possible de réaliser des cinétiques, d’enregistrer des positions de platine, etc.

Notre microscope confocal possède aussi tout l’équipement nécessaire pour faire des analyses de FCS (Fluorescence Correlation Spectroscopy), permettant de définir les propriétés de diffusion de molécules uniques.

Cet outil pourra évoluer vers des approches de FCCS (Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy) pour l’étude d’interactions protéines-protéines.

Fiche technique

Objectifs:

10x Plan-Apochromat dry, N.A. 0,45 (FWD=2.1 mm)

20x Plan-Apochromat dry N.A. 0,8 (FWD=0.55 mm)

40x Plan Apo water N.A. 1,2 NA Corr FCS

63x Plan Apo oil N.A. 1,4

Source d’illumination observation champ plein aux oculaires:

  • lampe HXP100
  • cubes observation pour fluorescence: DAPI, GFP, Cy3

Sources d’excitation mode confocal:

Laser 405

Laser Argon (458, 488, 514nm)

DSSP 561nm

Laser Helium/Neon 633nm

Détecteurs:

  • 2 PMT fluorescence
  • 1 multi-PMT (32 détecteurs GaAsP) détecteur spectral
  • 1 PMT transmission

Contrôle environnemental:  non

Type d’acquisition: Logiciel Zeiss Zen

  • imagerie confocale multi-modale, XYZ, spectrale, temps, multi-positions ou ratiométrique
  • module 2D mosaïque

Environnement L1

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par ce microscope, veuillez contacter Christian Godon

Financements

Ce microscope a bénéficié d’un financement de la Région Provence Alpes Côte d’Azur, du Conseil Général des Bouches du Rhône, du Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives, et du CNRS.

Quelque publications avec ce microscope

  • Godon et al. (2019) Under phosphate starvation conditions, Fe and Al trigger accumulation of the transcription factor STOP1 in the nucleus of Arabidopsis root cells Plant Journal, 99, 937–949 DOI : 10.1111/tpj.14374
  • Kuzmic et al. (2019) Interplay between ionizing radiation effects and aging in C. elegans. Free Radical Biology and Medicine 134 (2019) 657–665. doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2019.02.002
  • Kuzmic et al. (2018) Carbonylation accumulation of the Hypsibius exemplaris anhydrobiote reveals age- associated marks. PLoS ONE 13(12): e0208617. doi: 10.1371/journal.pone.0208617
  • Balzergue et al. (2017). Low phosphate activates STOP1-ALMT1 to rapidly inhibit root cell elongation. Nat Comm. 2017 May 15;8:15300. DOI: 10.1038/ncomms15300.
  • Kuzmic et al. (2016) In situ visualization of carbonylation and its co-localization with proteins, lipids, DNA and RNA in Caenorhabditis elegans. Free Radical Biology and Medicine 101 (2016) 465–474. doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2016.11.004
  • Kanno et al.. (2016) A Novel Role for the Root Cap in Phosphate Uptake and Homeostasis. eLife, 5, e14577. DOI : 10.7554/eLife.14577.

Très performant en imagerie classique en champ clair ou fluorescence (plein champ) avec acquisition d’images, ce microscope permet d’effectuer de la microdissection laser

En plus des fonctions d’imagerie (fluorescence, champ clair, phase, DIC/Nomarski), ce microscope possède des fonctions avancées permettant de faire des mesures multiples (comptages, longueurs, distances…)  sur des images en live.

Il est aussi possible de réaliser des cinétiques, d’enregistrer des positions de platine, etc.

Le LMD6000 effectue également de la microdissection laser : grâce à la présence d’un laser puissant, ce microscope permet la découpe et leur tri de zones d’échantillons vers différents tubes. Après collecte, les tissus pourront être utilisés pour des analyses de transcriptomique, métabolomique, etc.

Technologies associées :

Microdissecteur laser

Mesures multiples sur des images en live.

Fiche technique

Objectifs:

1,25x HCX PL Fluotar dry, N.A. 0,04 (FWD=37 mm)

4x C PLAN dry, N.A. 0,1 (FWD=18 mm)

6,3x C PLAN dry, N.A. 0,13 (FWD=19 mm)

10x HC PL Fluotar dry, N.A. 0,3 (FWD=11 mm)

20x HCX PL FFluotar dry, N.A. 0,4 (FWD=6,9 mm)

40x HCX PL Fluotar CS dry, N.A. 0,85 (FWD=0,24mm)

63x HCX PL FluotarR L dry, N.A. 0,7 (FWD=2,6 à 1,8 mm)

63x HCX PL Apo CS water, N.A. 1,2 (FWD=0,22 mm)

Objectif sur demande:

150x HCX PL Fluotar  dry, N.A. 0,9 (FWD=0,25 mm), sans lamelle

Source d’illumination observation champ plein aux oculaires:

  • lampe HXP100
  • cubes observation pour fluorescence: DAPI, GFP, DsRed, sur demande: possibilité de mettre en place d’autres cubes de filtre
  • cubes pour microdissection: DAPI, GFP, CY3, Alexa Fluor

Caméra: Leica DFC7000T

Contrôle environnemental: non

Type d’acquisition: Logiciel Leica LAS

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par ce microscope, veuillez contacter Christian Godon

Financement

Ce microscope est rattaché à la plateforme Héliobiotec* et a bénéficié d’un financement de l’Union Européenne (European Regional Development Fund), de la Région Provence Alpes Côte d’Azur, du Ministère de la Recherche, et du Commissariat à l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives.

Quelque publications avec ce microscope

  • Kanno et al.. (2016) A Novel Role for the Root Cap in Phosphate Uptake and Homeostasis. eLife, 5, e14577. DOI : 10.7554/eLife.14577.
  • Hirsch et al. (2011) A Novel fry1 Allele Reveals the Existence of a Mutant Phenotype Unrelated to 5’>3’ Exoribonuclease (XRN) Activities in Arabidopsis thaliana Roots. PLoS ONE 6(2): e16724. doi:10.1371/journal.pone.0016724

Dédié aux approches de luminescence à résolution tissulaire / cellulaire, ce microscope permet d’obtenir des images de très bonne qualité et ce même pour des échantillons présentant une faible luminescence.
Il permet aussi d’obtenir des images en champ clair et en fluorescence par transmission (GFP).

Une chambre de contrôle de température / CO2 peut être installée sur demande. Elle permet de maintenir les cultures cellulaires ou les coupes de tissus dans un environnement contrôlé tout au long de l’expérience. Le boîtier du LV200 protège parfaitement l’échantillon et les optiques de la lumière extérieure.

Le trajet optique de l’objet à la caméra CCD est rectiligne, optimisé au plus court possible pour garantir le moins de perte de photons.

Le porte-filtres d’excitation et d’émission pour la GFP permet l’acquisition d’image en fluorescence en plus de l’acquisition d’image en luminescence. L’acquisition d’image en lumière transmise (éclairage en fond clair avec anneaux de contraste de phase) permet de produire des superpositions avec des images obtenues en luminescence et en fluorescence.

Fiche technique

Objectifs:

4x UPLSAPO dry, N.A. 0,16 (FWD=13 mm)

20x LUCPLFLN dry N.A. 0,45 (FWD=6,6-7,8 mm)

40x LUCPLFLN dry N.A. 0,6 (FWD=2,7-4 mm)

Objectif sur demande:

10x UPLFLN dry N.A. 0,3 (FWD=10 mm)

40x UPlanApo oil N.A. 1

60x UPLAPO dry, N.A. 0,9 (FWD=0,13 mm)

60x UPLAPO oil, N.A. 1,4 (FWD=0,13 mm)

100x UPLAPO oil, N.A. 1,35 (FWD=0,13 mm)

Source d’illumination:

  • lampe ?
  • cubes observation pour fluorescence: GFP

Caméra: ANDOR iKon-M DU934

Contrôle environnemental: oui

Type d’acquisition:

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par ce microscope, veuillez contacter Hélène Javot

Financement

Ce microscope a bénéficié d’un financement du Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives, et du CNRS (programme Interface physique-chimie-biologie.

Quelque publications avec ce microscope

  • Kanno et al.. (2016) A Novel Role for the Root Cap in Phosphate Uptake and Homeostasis. eLife, 5, e14577. DOI : 10.7554/eLife.14577.
  • Hirsch et al. (2011) A Novel fry1 Allele Reveals the Existence of a Mutant Phenotype Unrelated to 5’>3’ Exoribonuclease (XRN) Activities in Arabidopsis thaliana Roots. PLoS ONE 6(2): e16724. doi:10.1371/journal.pone.0016724

Ce microscope inversé permet l’observation d’échantillons fluorescents (ou non) sous lame/lamelle. Fonction apotome pour réaliser des coupes optiques et des images en 3D.

Technologies associées :

Apotome

Imagerie 3D

Fluorescence et contraste DIC

Ce microscope inversé permet l’observation d’échantillons fluorescents (ou non) sous lame/lamelle. La fonction apotome permet de générer des coupes optiques éliminant le bruit de fond de l’image (flou). Le principe apotome, bien que très différent de celui d’un microscope confocal, permet d’obtenir des images de grande qualité.

Illumination en transmission, contraste de phase et DIC

Le logiciel d’acquisition d’images possède des fonctions avancées telles que : automatisation des séquences d’acquisitions, programmes personnalisés, réalisation de mosaïques d’images, séries de coupes optiques…

Fiche technique

Objectifs:

10x Ph1 M27 EC Plan Neofluar dry, N.A. 0,3 (FWD=5,2mm)

20x M27 Plan Apochromat dry, N.A. 0,8 (FWD=0,55mm)

40x M27 EC Plan Neofluar dry, N.A.  (FWD=0,71mm)

63x DIC M27  Plan Apochromat oil, N.A. 1,40 (FWD=0,19mm)

100x M27 Plan Apochromat oil, N.A. 1,40 (FWD=0,17mm)

Source d’illumination observation champ plein aux oculaires:

  • lampe: HXP100
  • cubes observation pour fluorescence: Dapi-GFP-CY3-CY5

Camera:

Contrôle environnemental: non

Type d’acquisition: Logiciel Zeiss Zen

  • module 2D mosaïque


Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par cet ultramicrotome et/ou des protocoles de fixation dans la résine, veuillez contacter Olivier Simon

Financement

Ce microscope a bénéficié d’un financement de l’IRSN.

Imagerie macroscopique en fluorescence

Ce macroscope permet l’observation d’échantillons fluorescents (ou non) à un niveau macroscopique (de quelques cellules aux organismes entiers). Des images de très bonne qualité peuvent être obtenues à partir d’échantillons sous lame/lamelle, mais aussi au travers de boîtes de Pétri, ou à partir de plantes en pots.

La fonction apotome (basée sur de l’illumination structurée) permet de générer des coupes optiques éliminant le bruit de fond de l’image (flou). Le principe apotome, bien que très différent de celui d’un microscope confocal, permet d’obtenir des images de grande qualité.

Le logiciel d’acquisition d’images possède des fonctions avancées telles que : automatisation des séquences d’acquisitions, programmes personnalisés, réalisation de mosaïques d’images, séries de coupes optiques…

Illumination en transmission, pseudo-champ noir et méthode de contraste

Fluorescence avec source fibrée pour DAPI-GFP-RFP

Caméra monochrome, avec reconstitution des couleurs par 3 prises d’images (R+G+B)

Camera couleur prise d’image en fluorescence ou non

Objectif 0,5x pour un grossissement final de 3,5x à 56x et objectif 2,3x pour un grossissement final de 16x à 258x

Fonction apotome utilisable uniquement avec l’objectif 2,3x, en mode fluorescence.

Technologies associées :

Image grand champ, mosaïque

Imagerie 3D

Fluorescence

Apotome (illumination structurée)

Photo Couleur camera Sony

Fiche technique

Objectifs:

Objectif 0,5x Plan-Apo, N.A. 0,125 (FWD 11,4 mm). 

Objectif 2,3x PlanNeoFluar, N.A. 0,57 (FWD 10,6 mm).

Cameras:

  • Caméra Zeiss monochrome
  • Caméra Sony 7 III couleur: 24,2 MP, Iso 100-51200 et vidéo 4K/UHD.

Source d’illumination/excitation:

Lampe HXP 200

Cubes observation pour fluorescence: DAPI, GFP, mRFP et GFP LP

Module apotome

Platine motorisée

Type d’acquisition:

  • camera Zeiss: Logiciel Zeiss Zen module 2D mosaïque et 3D apotome
  • camera Sony: Logiciel Sony

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par ce microscope, veuillez contacter Serge Chiarenza

Quelque publications en lien

  • Hanchi et al. (2018). The phosphate fast-responsive genes PECP1 and PPsPase1 affect phosphocholine and phosphoethanolamine content. Plant Physiology. 176(4):2943-2962. DOI: 10.1104/pp.17.01246.
  • Balzergue et al. (2017). Low phosphate activates STOP1-ALMT1 to rapidly inhibit root cell elongation. Nat Comm. 2017 May 15;8:15300. DOI: 10.1038/ncomms15300.
  • Kanno et al.. (2016) A Novel Role for the Root Cap in Phosphate Uptake and Homeostasis. eLife, 5, e14577. DOI : 10.7554/eLife.14577. 

Histologie

La lame vibrante de cet équipement permet de réaliser des coupes fines de quelques micromètres, à partir d’échantillons frais ou fixés, enrobés dans un support de type gélosé.

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par cet ultramicrotome et/ou des protocoles de fixation dans la résine, veuillez contacter Christian Godon

Description rapide :

  • Sections ultrafines d’échantillons biologiques pour observation en MET, MEB, AFM et MO

Technologies associées :

  • Inclusions d’échantillons biologiques dans de la résine
  • Microscopie optique et électronique 

 

Utilisation & réservation

Si vous êtes intéressés par cet ultramicrotome et/ou des protocoles de fixation dans la résine, veuillez contacter Christian Godon

Responsable

Christian Godon

Contact

Mots clés

Imagerie du vivant ; microscopie ; Ecotoxicologie ; radionucléides ; IRSN ; Microscope Confocal Zeiss LSM780 ; Microscope Leica LMD6000 ; Microscope Olympus Luminoview LV200 ; Microscope Axioobserver Z1 Zeiss ; Microscope Axiozoom V16 Zeiss ; Vibratome Leica VT1200S ; Ultramicrotome  Leica EM UC7 ; Histologie