Bases de données

Analyses de métadonnées et bases de données des systèmes de régulation bactérienne

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Pour mener à bien nos travaux des outils bioinformatiques sont utilisés/développés au LEMiRE pour l’analyse de métadonnées, des études in silico, l’exploration de génomes et la création de bases de données de régulateurs

Bases de données : Les changements rapides des conditions physico-chimiques de l’environnement des bactéries requièrent un ajustement de leur physiologie pouvant impliquer une modulation de l’expression de leurs gènes. Ces réponses adaptatives découlent essentiellement de la perception de signaux dans l’environnement externe de la bactérie par des senseurs et qui se traduit par l’activation de l’expression ou de la traduction des gènes requis pour surmonter le stress rencontré. Cette régulation se fait essentiellement par des facteurs transcriptionnels ou des systèmes à deux composants. Deux bases de données ont été développées au LEMiRE P2CS (http://www.p2cs.org) et P2TF (http://www.p2tf.org), ainsi qu’un serveur web dédié à la prédiction des protéines de régulation chez les procaryotes (http://www.p2rp.org).

Responsable d'équipe

Constitution de l'équipe

2 directeurs de recherche, 1 chercheur, 2 ingénieurs, 5 doctorants et 1 technicien

Mots clés

Rhizosphere; Pseudomonas; Biointrants; Genomics; Nanopesticides; Biocontrol; Outer membrane; vesicles; Regulatory RNAs